L’isola di San Pietro è considerata una vera e propria area naturalistica, se da un lato il divieto della marina militare di approdo e sbarco ha privato i cittadini di un’area di grande interesse turistico per la città, dall’altro ha preservato il ricco ecosistema delle isole. Molte specie di uccelli e passeriformi trovano rifugio sull’isola, come il barbagianni, la beccaccia di mare, la quaglia, il martin pescatore, il gheppio, tortore, gabbiani e cormorani, rettili come la lucertola, gechi e tarantole, tra i roditori topi e arvicole.
Il tratto di mare all’interno della rada è caratterizzato da fondale basso con sabbie fini e vaste praterie di Zostera e Posidonia. In particolare in questa zona c’è una massiccia presenza di alghe, che offrono rifugio a banchi di avannotti, molluschi e spugne, celenterati, vermi, tunicati, ricci, stelle marine e pesci di svariate specie. Spesso è stata notata la presenza di mammiferi quali il delfino, tanto da far proporre l’area come oasi naturale e parco marino. Il tratto di mare a Sud è più vario, caratterizzato da fondale detritico e roccia nuda, che offre riparo a un gran numero di pesci dalle correnti cariche di nutrienti provenienti dal largo, e da prateria di Posidonia e coralligeno. Presenti attorno alle isole prelibati molluschi quali i tartufi di mare e le cozze pelose, oggi molto vicini alla estinzione.
L’ isola ha una superficie di circa 116 ettari, ha una forma triangolare e presenta tre punte denominate Punta La Forca a Ovest, Punta Lo Scanno a Nord e Punta Il Posto a Est. La costa si estende per 7 km. La massima lunghezza dell’isola da Punta La Forca a Punta Lo Scanno è di poco più 2 km; la massima larghezza è di 1,6 km; la massima altezza è di 10 m s.l.m. (Punta La Forca).
E’ possibile raggiungerla mediante il servizio IDROVIE AMAT offerto durante la stagione balneare in cui viene aperto lo stabilimento.